La DNDi posee un pequeño equipo de coordinadores de proyectos. Utiliza las estructuras existentes de investigación tanto de los países desarrollados como de los países en desarrollo. Además cuenta con la colaboración de científicos de institutos de investigación públicos y privados. La DNDi facilita el proceso de I+D y fortalece la capacidad de I+D en las regiones endémicas.

Los proyectos del actual portfolio de la DNDi pasan por evaluaciones constantes. Para que puedan seguir recibiendo auxilio de la DNDi deben atender las recomendaciones establecidas por el Comité Consultivo Científico. Cada proyecto recibe apoyo por un período inicial (resuelto de común acuerdo entre la DNDi y el principal investigador del proyecto) y es la DNDi que lo administra durante todo el pipeline de desarrollo del medicamento.

Con apoyo inicial de sus asociados fundadores, la DNDi irá a demandar, paulatinamente, más compromisos y colaboración de los gobiernos, organizaciones privadas y fundaciones. El apoyo financiero y no financiero de terceros es de extrema importancia para el éxito de los proyectos y de la organización. Este modelo de colaboración multilateral irá a acelerar el proceso de I+D, permitiendo que los pacientes afectados por las enfermedades olvidadas en los países empobrecidos tengan acceso a tratamientos nuevos, más eficientes, más accesibles y más efectivos.