En 1999, la organización Médicos Sin Fronteras (MSF) reunió un equipo de especialistas internacionales para evaluar la crisis de la investigación y el desarrollo (I+D) de medicamentos para las enfermedades olvidadas. Son enfermedades para las cuales las opciones de tratamiento son inadecuadas o inexistentes, fundamentalmente porque afectan a pacientes con poco o ningún poder de compra. Este grupo de especialistas, conocido como Grupo de Trabajo de Medicamentos para Enfermedades Olvidadas (GTDND), trabajó para identificar las causas de esta crisis y buscar estrategias innovadoras que garanticen el desarrollo de medicamentos nuevos y asequibles para las enfermedades olvidadas.

Como resultado de este análisis, en el año 2001, el grupo de trabajo propuso la creación de una nueva iniciativa: una entidad independiente, sin fines de lucro, para desarrollar nuevos medicamentos o nuevas formulaciones de los medicamentos ya existentes para pacientes afectados por enfermedades olvidadas. El grupo de trabajo validó tanto la necesidad como la viabilidad de esta Iniciativa de Medicamentos para Enfermedades Olvidadas (DNDi), que se creó el 3 de julio de 2003.

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