Dirigida por el Directorio y contando con la participación de la Comisión de Asesoramiento Científico, la Comisión de Auditoría y la Junta Ejecutiva que  brindan importante asesoramiento científico y administrativo en la toma de decisiones, el Equipo Ejecutivo de la DNDi implementa la estrategia de I+D, administra la cartera global, distribuye recursos, recauda fondos y aboga por las actividades de la iniciativa.

La DNDi tiene su sede en Ginebra y cuenta con un equipo permanente de 30 investigadores científicos y otros profesionales. La organización tiene una filial en América del Norte, 4 oficinas de soporte regional en Kenia, India, Brasil y Malasia y dos oficinas que brindan respaldo a proyectos regionales en la República Democrática del Congo y en Japón.