En 1999, reconociendo la escasez de medicamentos eficaces en las regiones más pobres del mundo donde trabajaba, Médicos Sin Fronteras (MSF) formó un equipo de peritos internacionales para que estudiara la crisis de la investigación y desarrollo (I+D) de medicamentos para las enfermedades olvidadas. Este Grupo de Trabajo sobre Medicamentos para Enfermedades Olvidadas analizó las causas de la crisis, y al desarrollar estrategias innovadoras para asegurar el desarrollo de medicinas nuevas y accesibles  para las enfermedades olvidadas, recomendó la creación de una nueva iniciativa, la DNDi.

En el año 2003, siete organizaciones de diferentes regiones del mundo unieron fuerzas para establecer la DNDi: cinco instituciones del sector público – la Fundación Oswaldo Cruz, de Brasil, el Consejo para la Investigación Médica de la India, el Instituto de Investigaciones Médicas de Kenia, el Ministerio de Salud de Malasia y el Instituto Pasteur de Francia; asimismo una organización humanitaria – Médicos sin Fronteras (MSF) y una organización internacional de investigaciones – el Programa Especial para la Investigación y Formación sobre Enfermedades Tropicales (TDR) del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) / Banco Mundial / Organización Mundial de la Salud (OMS), que actúa como permanente observador de dicha iniciativa.

Durante 30 años, MSF ha sido testigo directo del costo humano resultante de la falta de medicamentos para las enfermedades olvidadas y ha levantado la voz en contra de la inequidad; el Instituto Pasteur realiza grandes inversiones en investigación biológica de enfermedades infecciosas; TDR trabaja en 10 enfermedades infecciosas olvidadas que afectan a las poblaciones pobres y marginalizadas; la Fundación Oswaldo Cruz dedica sus recursos a la I+D en medicina; el Consejo para la Investigación Médica de la India patrocina y coordina investigaciones médicas en ese país; y el Ministerio de Salud de Malasia se dedica a la creación de asociaciones de colaboración orientadas a la salud.

LA DNDi es una entidad jurídica desde julio de 2003.