De acuerdo con la convicción de la DNDi de que debe haber mayor responsabilidad y compromiso públicos con respecto a las enfermedades olvidadas, los Socios Fundadores pertenecen principalmente al sector público. En el año 2003, el Grupo de Trabajo sobre Medicamentos para Enfermedades Olvidadas reunió a sus Socios Fundadores sobre la base de su compromiso histórico con las enfermedades tropicales, su interés y su experiencia en los distintos aspectos de la I+D de las enfermedades olvidadas, es decir en el apoyo, descubrimiento y desarrollo de medicamentos. La misión social de las distintas organizaciones y su convivencia con las necesidades de los pacientes fueron asimismo consideraciones vitales. Los Socios Fundadores de la DNDi son:

Establecido en 1911, fue designado en 1949 como Consejo para la Investigación Médica de la India (ICMR). Subvencionado por el gobierno de la India, las actividades del ICMR se concentran en la formulación, coordinación y promoción de investigaciones biomédicas. El Consejo tiene una red de 21 Institutos de Investigación Permanente localizados en diferentes partes de la India que conducen estudios acerca de la tuberculosis, la lepra y la leishmaniosis visceral.

Establecido en Francia en el año1887, el Instituto Pasteur es una fundación privada sin fines de lucro dedicada a la prevención y tratamiento de enfermedades. Sus actividades están centradas en condiciones tales como la fiebre amarilla, la tuberculosis, la poliomielitis, la hepatitis y el VIH/SIDA. Con 8 Premios Nobel otorgados a sus investigadores, el Instituto Pasteur está a la vanguardia de las investigaciones médicas con el descubrimiento de antitoxinas, BCG, sulfamidas, y anti-histaminas, así como investigaciones clave en biología molecular e ingeniería genética.

Establecido en el año 1979, el KEMRI conduce investigaciones en las ciencias de la salud y comparte sus hallazgos con la comunidad internacional. El KEMRI, una de las instituciones líderes de África dedicada a las investigaciones sobre la salud ha contribuido significativamente a las capacidades regionales dedicadas a la investigación. El Instituto concentra sus actividades en las enfermedades infecciosas y parasíticas, así como en las investigaciones relacionadas con la salud pública y la biotecnología.

MSF es una organización de asistencia médica privada independiente, que trabaja en misiones de ayuda médica en situaciones de emergencia alrededor del mundo desde 1971. Posee oficinas en 19 países y desarrolla actividades en más de 80. También desde 1999 ha estado a cargo de la Campaña para el Acceso a Medicamentos Esenciales. MSF ha recibido numerosos premios internacionales por sus actividades, inclusive el Premio Nobel de la Paz en 1999 cuyos recursos ha dedicado a la búsqueda de soluciones sustentables y de largo plazo ante la crisis de falta de medicamentos esenciales (que finalmente dio origen a la fundación de la DNDi en el año 2003).

El Instituto para las Investigaciones Médicas (IMR) perteneciente al Ministerio de Salud, fue establecido en el año 1900 para llevar a cabo investigaciones científicas continuas sobre las causas, los tratamientos y la prevención de enfermedades tropicales infecciosas. Inicialmente, las investigaciones se centraron en la malaria, el beriberi, el cólera y la disentería. El IMR comprende ahora 8 centros que desarrollan investigaciones, servicios de diagnóstico, formación y consultoría en diversos campos de la salud.

Fundada en 1900, Fiocruz es la institución dedicada a investigaciones biomédicas más importante de América Latina. Como parte del Ministerio de Salud Brasilero, Fiocruz ha facilitado la I+D de herramientas de salud para las enfermedades olvidadas a través del establecimiento de centros especializados en el desarrollo de medicamentos y vacunas: Biomanguinhos y Farmanguinhos. Farmanguinhos / Fiocruz, uno de los más grandes laboratorios farmacéuticos de Brasil tiene una larga historia de producción de medicamentos en el campo de las enfermedades olvidadas, en particular para el SIDA y ahora, con el desarrollo del ASMQ, para la malaria.

Como programa global independiente de colaboración científica, establecido en el año 1975 y co-patrocinado por el Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF), el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), el Banco Mundial, y la Organización Mundial de la Salud (OMS), el TDR tiene como meta ayudar a coordinar, brindar soporte, e influenciar los esfuerzos globales tendientes a combatir el conjunto de las principales enfermedades que afectan a los pobres y desaventajados. El TDR es un observador permanente de la Junta Directiva de la DNDi.