La DNDi se esfuerza constantemente por mantener los más altos estándares de responsabilidad, transparencia y ética. Con el objeto de promover un modelo alternativo que permita un nuevo entorno para la I+D de las enfermedades extremadamente olvidadas, la DNDi cuenta con peritos académicos independientes que examinen cuestiones tales como la propiedad intelectual, los procesos regulatorios, el acceso al conocimiento, y la economía a fin de estimular un nuevo entorno para la I+D de las enfermedades olvidadas.

El Directorio aprueba la selección de proyectos y fija políticas sobre propiedad intelectual, control financiero y ética. Específicamente, de acuerdo con los lineamientos de I+D, todos los programas clínicos se rigen por reglamentos y normas a nivel internacional, regional y local: los Lineamientos de las Buenas Prácticas Clínicas (BPC/CIA) y la Declaración de Helsinki 2000, que siguen los principios básicos para la investigación médica con seres humanos, y de acuerdo con las juntas revisoras de las instituciones locales y externas y con las normas y reglamentos locales de los países.