O escritório regional da DNDi na América Latina está localizado no Rio de Janeiro, onde funciona desde 2004. Com uma equipe local permanente e diversos consultores, o principal objetivo do escritório é apoiar, planejar e gerenciar atividades regionais de P&D de medicamentos para a doença de Chagas, malária e leishmaniose visceral.
Para tanto, investiga sobre as condições e necessidades dos pacientes, estabelece parcerias, implementa projetos e promove treinamento e capacitação de recursos humanos, levando em consideração a importância de direcionar a P&D para ferramentas de saúde que sejam adaptadas e relevantes para o uso em campo no contexto da América Latina.
Além disso, o escritório participa de diversos congressos científicos, contribui para publicações no campo das doenças negligenciadas, realiza a produção de filmes e documentários, bem como uma série de outras atividades de comunicação e de conscientização sobre as doenças negligenciadas, apontando para a necessidade de maior liderança política e estímulo a P&D que garantam o acesso a medicamentos essenciais.

O trabalho conduzido em nível regional é fundamental para oferecer soluções inovadoras aos desafios que a DNDi encontra para o desenvolvimento de medicamentos. Um exemplo importante é o ASMQ, uma combinação em dose fixa para o tratamento da malária
falciparum não complicada, indicada para uso na América Latina e Sudeste Asiático, cujo desenvolvimento farmacêutico e produção industrial foram realizados pelo laboratório público brasileiro Farmanguinhos.
Após seu lançamento em abril de 2008, a DNDi está agora trabalhando com Farmanguinhos para realizar a transferência de tecnologia do ASMQ para a Cipla, na Índia. Além disso, o trabalho do escritório regional teve um papel fundamental na identificação dos países da América Latina que poderiam potencialmente se beneficiar com o uso desta inovadora combinação em dose fixa para o tratamento da malária, tais como Peru, Bolívia, Venezuela e Colômbia. A DNDi já está estudando as estratégias para o registro do ASMQ na região.