O principal objetivo da DNDi é apresentar até 2014 entre 6 e 8 novos tratamentos contra a LV, a THA, a doença de Chagas e a malária, além de estabelecer um portfólio sólido de P&D de tratamentos baseados nas necessidades dos pacientes. A organização utilizará e reforçará as capacidades existentes nos países com doenças endêmicas através da implementação de projetos e continuará expandindo a conscientização sobre a necessidade de desenvolver novos medicamentos para as doenças negligenciadas e promovendo uma responsabilidade pública mais abrangente.
Para alcançar estes objetivos, o plano administrativo da DNDi foi atualizado para:
Focar principalmente as doenças causadas por cinetoplastidas;
Apresentar um modelo gradativo e integrado de P&D de medicamentos no qual os projetos nascidos da necessidade possam ser atendidos em qualquer fase do pipeline;
Apresentar uma organização virtual que gerencie projetos coordenados de P&D;
Oferecer uma estratégia regulatória e de acesso a medicamentos orientada pelas necessidades dos pacientes;
Constituir redes de P&D que utilizem e fortaleçam as capacidades de pesquisa dos países com doenças endêmicas;
Obter ajuda internacional para apoiar os objetivos de P&D da DNDi e para promover uma estrutura global melhorada de P&D essencial na área de saúde.