De acordo com a convicção da DNDi de que deve haver uma maior responsabilidade e compromisso públicos com relação às doenças negligenciadas, os Parceiros Fundadores pertencem principalmente ao setor público. Em 2003, O Grupo de Trabalho sobre Medicamentos para as Doenças Negligenciadas reuniu seus Parceiros Fundadores tomando como base seu envolvimento histórico em relação às doenças tropicais, seu interesse e sua experiência em diversos aspectos da P&D de doenças negligenciadas, isto é no apoio, na descoberta e no desenvolvimento de medicamentos. A missão social das diferentes organizações e sua convivência com as necessidades dos pacientes foram também considerações vitais. Os Parceiros Fundadores da DNDi são:

Estabelecido em 1911, foi denominado em 1949, Conselho Indiano de Pesquisa Médica (ICMR). Subvencionado pelo governo da Índia, as atividades do ICMR estão centradas na formulação, coordenação e promoção de pesquisas biomédicas. O Conselho possui uma rede de 21 Institutos de Pesquisa Permanente localizados em diferentes regiões da Índia, onde se desenvolvem estudos sobre a tuberculose, a lepra e a leishmaniose visceral.

Estabelecido na França desde 1887, o Instituto Pasteur é uma fundação privada sem fins lucrativos, dedicada a prevenção e tratamento de doenças. Suas atividades estão centradas na febre amarela, tuberculose, poliomielite, hepatite e no HIV/Aids. Contando com 8 prêmios Nobel outorgados a seus pesquisadores, o Instituto Pasteur está na vanguarda das pesquisas médicas com a descoberta de antitoxinas, BCG, sulfamidas e anti-histaminas, além de desenvolver pesquisas-chave na área da biologia molecular e da engenharia genética.

Estabelecido em 1979, o KEMRI desenvolve pesquisas na área das ciências da saúde e compartilha suas descobertas com a comunidade internacional. O KEMRI, uma das Instituições líderes em pesquisas sobre a saúde da África, tem contribuído significativamente com as capacidades regionais dedicadas à pesquisa. O KEMRI concentra suas atividades nas doenças infecciosas e parasitarias assim como nas pesquisas relacionadas com a saúde pública e a biotecnologia.

MSF é uma organização de assistência médica privada independente que trabalha em missões de ajuda médica em situações de emergência ao redor do mundo desde 1971, com escritórios em 19 países e atividades em andamento em mais de 80. Desde 1999 desenvolve também a Campanha de Acesso a Medicamentos Essenciais. MSF recebeu diversos prêmios internacionais por suas atividades entre eles o Prêmio Nobel da Paz em 1999, cujos recursos dedicou à busca de soluções sustentáveis e de longo prazo para a crise de falta de medicamentos essenciais (o que finalmente originou a fundação da DNDi em 2003).

O Instituto para Pesquisas Médicas (IMR) pertencente ao Ministério da Saúde foi estabelecido em 1900 visando desenvolver pesquisa científica contínua relacionada às causas, aos tratamentos e à prevenção de doenças tropicais infecciosas. Inicialmente, as pesquisas foram centradas na malária, no beribéri, na cólera e na disenteria. O IMR possui atualmente oito centros de desenvolvimento de pesquisas e serviços de diagnóstico, treinamento e consultoria em diversos campos da saúde.

Fundada em 1900, a Fiocruz é a mais importante instituição dedicada à pesquisa biomédica da América Latina. Como parte do Ministério da Saúde Brasileiro, a Fiocruz possibilitou a P&D de ferramentas de saúde para as doenças negligenciadas através da criação de centros especializados no desenvolvimento de medicamentos e vacinas: Biomanguinhos e Farmanguinhos. Farmanguinhos/ Fiocruz, um dos maiores laboratórios farmacêuticos do Brasil, tem uma longa trajetória de produção de medicamentos na área das doenças negligenciadas, especialmente para a AIDS e agora, com o desenvolvimento do ASMQ, para a malária.

Como programa global independente de colaboração científica, estabelecido em 1975 e co-patrocinado pelo Fundo das Nações Unidas para a Infância (UNICEF), pelo Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD), pelo Banco Mundial, e pela Organização Mundial da Saúde (OMS), o TDR tem como meta ajudar a coordenar, fornecer suporte e influenciar os esforços globais para combater o conjunto das principais doenças que afetam os pobres e desfavorecidos. O TDR é um observador permanente do conselho administrativo da DNDi.