A DNDi empreende um esforço constante para manter os mais elevados padrões de responsabilidade, transparência e ética. Com o objetivo de promover um modelo alternativo que permita um novo âmbito de P&D para as doenças extremamente negligenciadas, a DNDi conta com peritos acadêmicos independentes que analisam questões como a propriedade intelectual, os processos regulatórios, o acesso ao conhecimento e a economia com objetivo de estimular um novo âmbito de P&D para as doenças negligenciadas.

O Conselho de Administração aprova a seleção de projetos e estipula políticas relacionadas à propriedade intelectual, ao controle financeiro e à ética. De maneira específica, segundo as diretrizes de P&D, todos os programas clínicos são regidos por regulamentos e normas internacionais, regionais e locais: as Diretrizes das Boas Práticas Clínicas (BPC/CIH) e a Declaração de Helsinki de 2000, que seguem os princípios básicos para a pesquisa médica envolvendo seres humanos, e de acordo com os comitês de fiscalização das instituições locais e exteriores e com as normas e regulamentos locais dos países.